Το μήκος του νησιού είναι 4,5 χιλιόμετρα από βορειοδυτικά προς νοτιοανατολικά και 20 χιλιόμετρα από νοτιοδυτικά προς βορειοανατολικά.
Το νησί είναι μέρος του Εθνικού Θαλάσσιου Πάρκου Αλοννήσου (NMPAMS), το οποίο είναι το πρώτο πάρκο που ιδρύθηκε στην Ελλάδα.
Τον Αύγουστο του 2020, η Αλόννησος εγκαινίασε το πρώτο Υποβρύχιο Μουσείο στην Ελλάδα. Το ναυάγιο είναι ένα από τα παλαιότερα στον κόσμο που ανακαλύφθηκε το 1985 από επαγγελματία ψαρά στη δυτική πλευρά του νησιού Περιστέρα ανατολικά της Αλοννήσου. Σύμφωνα με την έρευνα της Εφορείας Εναλίων Αρχαιοτήτων, πρόκειται για ένα μεγάλο εμπορικό πλοίο, πιθανότατα αθηναϊκό, το οποίο βυθίστηκε γύρω στο 425 π.Χ., με φορτίο περίπου 3.500 αμφορέων κρασιού. Το Υποβρύχιο Μουσείο Αλοννήσου είναι ο πρώτος υποβρύχιος αρχαιολογικός χώρος στην Ελλάδα, ο οποίος γίνεται προσβάσιμος στο κοινό.